1.干熱法在干燥的條件下，加熱進行滅菌。
（1）灼燒滅菌將物體置于火焰上，直接燒死附于物體上的微生物。此方法的特點是操作簡便、滅菌迅速*。但應用范圍有限，僅適用于耐熱或供毀滅廢棄的物品，如接種針、接種環、試管口或三角瓶口，可通過酒精燈火焰灼燒滅菌。嚴重污染雜菌的菇體和物體也可用火焰灼燒而滅菌。酒精燈用的酒精濃度以95%為宜，濃度低燃燒不良，熱力不足，灼燒滅菌的效果差。
（2）干熱空氣滅菌法是指用高溫干熱空氣滅菌的方法。該法適用于耐高溫的玻璃和金屬制品以及不允許濕熱氣體穿透的油脂（如油性軟膏機制、注射用油等）和耐高溫的粉末化學藥品的滅菌，不適合橡膠、塑料及大部分藥品的滅菌。
在干熱狀態下，由于熱穿透力較差，微生物的耐熱性較強，必須長時間受高溫的作用才能達到滅菌的目的。因此。干熱空氣滅菌法采用的溫度一般比濕熱滅菌法高。為了保證滅菌效果，一般規定：135-140℃滅菌3-5h；160-170℃滅菌2-4h；180-200℃滅菌0.5-1h；350℃滅菌5分鐘。
2.濕熱法是在有水的條件下加熱。如用熱水、熱蒸汽殺死微生物。實驗證明，細胞原生質在含水量高的情況下更易變性凝固，而且蒸汽的穿透力強，在同樣溫度下，濕熱殺菌效果比干熱法效果好。主要介紹經常用的巴斯德消毒法、間歇滅菌法、常壓滅菌法和高壓滅菌法。
（1）巴斯德消毒法也稱低溫消毒法。即用較低的溫度（60℃～700℃）殺死物品中的病原菌和大多數細菌白勺營養體。此法適用于不耐高溫物品的消毒。栽培食用菌時常用的培養料發酵，即利用這個原理殺死其中的有害微生物。
（2）常壓間歇滅菌法利用流通的熱蒸汽幾次反復殺菌的方法。物品放在蒸鍋或蒸籠內，加熱至蒸汽上冒后，再繼續蒸煮15～20分鐘（根據不同的物品而定），以殺死其中的微生物營養細胞。然后冷卻，并將滅菌物取出，置室溫下或25℃～30℃溫箱中培養24小時，讓其中芽孢萌發成營養體，再放入蒸鍋中以同樣的方法加熱滅菌。如此連續三次，即可殺死滅菌物的全部芽孢，達到滅菌的目的。此法由于不需加壓，只要有普通的家庭用蒸籠即可，但操作需用時間長。間歇滅菌法常用于不耐高溫物品的滅菌。
（3）常壓蒸汽滅菌法又稱流通蒸汽滅菌法。做法與間歇滅菌法相似，但需延長熱處理的時間（4～8小時），使物品中的微生物營養體和芽孢全部死亡，達到一次性滅菌的目的。此方法不僅可以滅菌，而且又有利于培養料中的有機質達到部分分解的目的，加之條件簡易，操作方便，因此已被菇農用于制作原種、栽培種的培養基滅菌和熟料栽培的培養料滅菌。
（4）高壓蒸汽滅菌以上兩種蒸汽滅菌法，由于是在常壓下進行，蒸汽溫度只有100℃左右，熱處理較長。若利用密閉的蒸鍋，使其中的蒸汽不外溢，壓力不斷上升，使水的沸點不斷提高，鍋內溫度也隨之增加。這樣殺滅細菌芽孢所需的時間可大大縮短，所以是一種zui有效的滅菌方法。高壓蒸汽滅菌時間短，效果可靠，適用于一般培養基和一切耐高溫物品的滅菌。
3.紫外線滅菌紫外線滅菌是利用輻射因素來滅菌的方法之一。細菌吸收紫外線后，蛋白質和核酸會發生變化，當輻射量超過一定限度時，輕者突變，重者死亡。紫外線滅菌是用紫外線燈管進行的。紫外線的波長為200nm～300nm，均有滅菌效果，其中以260nm的殺菌能力zui強。由于紫外線穿透物質的能力很差，所以只適用于空氣和物體表面的滅菌，且要求距照射物以不超過1.2m為宜。接種室和接種箱，常用紫外線燈作為空氣和桌面的消毒。紫外線對人的眼粘膜及視神經有損傷作用，應避免直接在紫外燈下工作，更不能直視燈管。
4.過濾除菌對于不適宜用熱力滅菌的液態和氣態物質，可用過濾的方法除去其中的微生物。除菌過濾分為：終端過濾（0.22μm）和非終端過濾（0.45μm）。
5.臭氧消毒：臭氧又稱活氧，化學名O3，具有特殊魚腥味的藍色氣體，具強氧化性，是至今被發現的zui強的氧化劑之一，其氧化能力僅次于氟，在一定濃度下即可轉化成氧氣，沒有任何殘留，不會形成二次污染。被譽為“zui清潔的氧化劑和消毒劑”；臭氧對細菌的滅活反應總是進行的很迅速。與其它殺菌劑不同的是：臭氧能與細菌細胞壁脂類雙鍵反應,穿入菌體內部，作用于蛋白和脂多糖，改變細胞的通透性，從而導致細菌死亡。臭氧還作用于細胞內的核物質，如核酸中的嘌呤和嘧啶破壞DNA
6.甲醛滅菌：它是將甲醛導入甲醛發生器或加熱盤或燒杯中（必要時可視空間大小加入高錳酸鉀2～3g/m3）,然后加熱，使甲醛蒸發成氣體而滅菌。甲醛的用量按房間體積計算，一般約為8～9ml/m3（濃度約為37%-40%甲醛液）。當房間溫度在24-40℃，相對濕度在65%以上時，甲醛氣體滅菌效果較理想。甲醛滅菌的氣體發生量、熏蒸滅菌時間、換氣時間等應通過驗證來確定。甲醛滅菌主要用于潔凈室風管等滅菌。
